Embriyo transferi tüp bebek tedavisinin son ama en önemli aşamasıdır. Aynı menstrüel döngüde başlanmış tedavilerde taze embriyo olarak nitelendirdiğimiz "fresh transfer" şeklinde yapılabileceği gibi, eğer o ay için uygun değilse embriyolar dondurulup daha sonraki adet döngülerinde transfer edilebilmektedir ("Thaw" embriyo transferi). Transfer ağrılı bir işlem değildir. Bu nedenle anne adaylarının endişe duymalarını gerektirecek bir durum bulunmamaktadır. Embriyo transferi 3. veya 5. gün embriyo transferi şeklinde yapılmaktadır. Bunun kararı tedaviye yanıt, laboratuvarın özellikleri, hasta önceliklerine göre değişmekle birlikte tercihen yumurta toplama işleminden sonra 5. gün embriyo transferi yapılmaktadır. İşlem laboratuvardaki inkübatörlerden alınan embriyonun rahim içine ulaşmasını sağlayacak ortalama 1,6 mm çapında, steril, ince uzun polietilenden üretilmiş yumuşak transfer kateterleri ile yapılmaktadır.
Transfer işlemi bazı merkezlerde ultrason kullanmadan yapılmakla birlikte ağırlıklı olarak karından yapılan ultrason eşliğinde önerilmektedir. Anne adaylarına transfer yapılacak saatle ilgili bir gün öncesinde bilgi verilmekte ve belirlenen saatte transfer hazırlığı olarak ultrason sırasında idrara sıkışık olarak gelmeleri istenmektedir. İşlem odasına ve jinekolojik muayene masasına alınan anne adayının üstü öncelikle steril örtü ile örtülmektedir. Ardından steril solüsyonlarla genital bölgenin temizliğini takiben muayene aleti vajene yerleştirilip rahim ağzı görüntülenmektedir. Rahim ağzı da temizlenip uygun solüsyonla silindikten sonra yumuşak kateterin dış kılıfı rahim ağzından yavaşça geçirilir ve hazır olununca laboratuvara haber verilir. Yaklaşık 15-20 saniye içinde laboratuvardan, içinde embriyo yüklenmiş ve ucunda enjektör olan iç katater embriyolog tarafından getirilir ve dış kateterin içinden geçirilip, embriyo rahim içine bırakılır. Sonra iç ve dış kateter birlikte yavaşça çekip çıkarılır. Belli bir süre vajinal spekulum çıkarılıp anne adayı 5 dakika masada dinlendirilip kaldırılır. Daha fazla masada yatmanın ve sonrasındaki yatak istirahatinin gebelik olasılığına gösterilmiş faydası bulunmamaktadır. Bu arada idrara sıkışan anne adayı masadan kalkınca tuvalete gidebilir bunun da sürece olumsuz bir etkisi bulunmamaktadır.